Если воспаление сохраняется после качественного эндодонтического лечения или доступ к проблемному участку через канал невозможен, может потребоваться хирургический подход. Один из вариантов — резекция верхушки корня: хирург получает доступ к очагу через десну, удаляет патологически изменённые ткани и небольшой участок верхушки корня. При возможности операция проводится с сохранением самого зуба. Удаление зуба рассматривают, если прогноз для него неблагоприятный: например, при серьёзном разрушении, вертикальной трещине корня или невозможности восстановить его функцию